Budowa kościoła przypisywana jest stolarzowi o imieniu Candioto lub Etinopo, który po uratowaniu się z poważnego pożaru, ślubował św. Jakubowi, że zbuduje kościół jemu poświęcony. Informacja o przebudowie jest niejasna. Ze starożytnego kościoła nic nie pozostało, a obecny kościół został zbudowany w czasie panowania doży Domenica Selva (1071–1084) i ponownie konsekrowany w roku 1177. Pożar z 1514 roku, który zniszczył większą część rynku, nie ogarnął jednak kościoła; musiał on jednak być zniszczony, skoro poddano go restauracji restauracji w 1531 roku. Inicjatorem odnowy był pewien bogaty mieszczanin, Natale Regia, który w 1503 roku został mianowany księdzem w tym kościele. Po jego śmierci w 1532 roku rozgorzał spór pomiędzy władzami miasta a Patriarchą o prawo do nominacji jego następcy. Spór ten rozstrzygnął dopiero papież Klemens VII zarządzając, iż kapłan w kościele ma być mianowany przez dożę i musi wywodzić się wyłącznie spośród rodowitych Wenecjan.
Ponowna restauracja kościoła miała miejsce w latach 1599–1601. Poprawiono wówczas oświetlenie wnętrza i wstawiono kilka ciężkich, barokowych ołtarzy. Oryginalne mozaiki nie zachowały się.
W 1933 roku została usunięta empora na wewnętrznej stronie fasady.