W tym samym 2013 roku Duque osiągnął kolejny puchar kraju, a w sezonie Apertura 2014 jako kluczowy napastnik wywalczył trzecie z rzędu mistrzostwo Kolumbii. Wówczas także zajął drugie miejsce w superpucharze oraz dotarł do finału międzynarodowych rozgrywek Copa Sudamericana. W międzyczasie (w lipcu 2014) ponownie zerwał jednak więzadła krzyżowe, co spowodowało półroczną przerwę w grze. W sezonie Finalización 2015 po raz czwarty zdobył z Atlético Nacional – prowadzonym już przez Reinaldo Ruedę – mistrzostwo Kolumbii, zostając wówczas królem strzelców ligi (z piętnastoma bramkami na koncie), uplasował się również na drugim miejscu w superpucharze kraju.
W styczniu 2016 Duque został wypożyczony do meksykańskiej ekipy Club Atlas z siedzibą w Guadalajarze, w tamtejszej Liga MX debiutując 6 lutego 2016 w przegranym 1:4 spotkaniu z Pueblą. Po raz pierwszy wpisał się natomiast na listę strzelców sześć dni później w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Tolucą.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2005 Depor FC
Torneo Águila