struktura Departamentu PESEL (na użytek zewnętrzny występującego pod nazwą Rządowe Centrum Informatyczne PESEL) przedstawiała się następująco: Wydział Centralnego Banku Danych (budowa i funkcjonowanie CBD, aktualizacja i kontrola zasobów, administrowanie bankami danych) Wydział Terenowych Banków Danych (prace projektowo-programowe w zakresie rozbudowy TBD, instrukcje i szkolenia dla ich użytkowników) Wydział Podsystemów Tematycznych (prace analityczno-projektowe, współrealizacja podsystemu MAGISTER, eksploatacja podsystemów) Wydział Badawczo-Rozwojowy (prace wdrożeniowe dla nowych systemów, prace analityczne, konsultacje i ekspertyzy) Wydział Przygotowywania Danych (tworzenie nośników dla systemów informatycznych, przygotowywanie danych testowych) Wydział Nadzoru Technologicznego i Ochrony Systemów (ochrona w obiektach departamentu, kontrola ruchu osobowego) Wydział Służby Terenowej (utrzymywanie, zabezpieczenie i ochrona stacji i systemów łączności) Wydział Techniki (nadzór techniczny nad działaniem sprzętu w departamencie) Wydział Ogólny (współpraca z innymi jednostkami MSW, sprawy kadrowe i administracyjne)