w sprawie nadania statutu Ministerstwu Spraw Wewnętrznych i Administracji (). i kontynuował swoją działalność aż do rozwiązania w dniu 15 lipca 1998 r.Rozporządzenie Prezesa Rady Ministrów z dnia 26 czerwca 1998 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie nadania statutu Ministerstwu Spraw Wewnętrznych i Administracji (). Następnie zadania związane z prowadzeniem PESEL przejęły inne jednostki organizacyjne urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw wewnętrznych (1 stycznia 2016 r. sprawy te przekazano do urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw informatyzacji).
Sprawy rent i emerytur byłych pracowników RCI PESEL Pracownicy departamentu odpowiedzialni za stworzenie systemu PESEL zostali potraktowani jako „funkcjonariusze wykonujący pracę na rzecz totalitarnego państwa”. W związku z tym nawet jeżeli po 1990 r. odprowadzali wciąż wysokie składki, to emerytura nie może być wyższa niż wynosi przeciętna emerytura wypłacana przez ZUS, w związku z nową ustawą o emeryturach i umieszczeniem ich na liście IPN.