W 1801 razem z bratem przebywał w Berlinie, gdzie prowadził wykłady z literatury i sztuki. W roku 1804 poznał Madame de Staël, został sekretarzem francuskiej pisarki i nauczycielem jej dzieci. Przebywał w Paryżu oraz w posiadłości pani de Staël nad Jeziorem Genewskim aż do jej śmierci w 1817. Podróżował z nią do Włoch, Anglii, do Szwecji. Zaprzyjaźnił się z jej rodziną. W 1812 otrzymał od państwa pruskiego tytuł szlachecki.
Od 1818 był profesorem literatury i historii sztuki na uniwersytecie w Bonn. Wykładał literaturę niemiecką, klasyczną, angielską, romańską. Prowadził seminaria z sanskrytu, był wydawcą czasopisma „Indische Bibliothek” (1820–1830). Jego wykłady i seminaria cieszyły się dużą popularnością. Schlegel sprawował ważne funkcje w życiu akademickim. Był m.in. rektorem (1824–1825), dziekanem (1839) uniwersytetu bońskiego. Przewodniczył komitetowi budowy pomnika Beethovena w Bonn. Ma swój udział w utworzeniu w Bonn dwóch muzeów.
W międzyczasie miały miejsce wyjazdy Schlegla, m.in.: do Berlina w 1841 z wykładami, do Weimaru – spotkanie z Goethem, Kassel – spotkanie z Jacobem Grimmem. Zmarł 12 maja 1845 w Bonn, tam został pochowany.