Zrealizowano wtedy przebudowę i podwyższenie prezbiterium wraz z korpusem nawowym. Prace rozpoczęto od wzniesienia zamkniętego wielobocznie trójprzęsłowego prezbiterium. Jako pierwsza powstała jego ściana południowa wymurowana z wykorzystaniem w dolnej partii murów chóru kościoła z 2. połowy XIII w. Trójkątny szczyt korpusu halowego z 2. połowy XIII w. rozebrano w górnej części i podwyższono.
Założenie sklepień w prezbiterium i nawie głównej oraz nad nawami bocznymi nastąpiło w latach 1555-1556. Mimo że prace te prowadzono w XVI wieku, sklepienia miały jeszcze formy gotyckie z dekoracją żebrową. W 1558 r. wzniesiono kruchtę północną z kamiennym renesansowym portalem. W 1567 roku podwyższono wieżę o część ośmioboczną i nakryto dwuprześwitowym hełmem. Na dachu w 1606 r. osadzono sygnaturkę. W 1611 roku przebito wejście od południa w zasięgu zachodniej kaplicy i ujęto je w bogato dekorowane kamienne obramienie o wykroju półkolistym.
Portale Wejścia są ozdobione portalami: od zachodu gotyckie z XV wieku, od strony północnej z 1558 roku, a od południowej z 1611 roku.