Podróż jednak do Cwmtaff okazała się dla niego być bardzo pechowa, ponieważ wskutek różnych wydarzeń zostaje postrzelony przez siluriankę, Alaya'ę, a zaraz po tym usunięty z historii, przez co o jego istnieniu pamięta tylko Doktor.
Rory odradza się jako centurion przez koalicję wrogów Doktora, składających się m.in. z Daleków, Cybermenów oraz Judoonów, którzy na podstawie wspomnień Amy oraz jej książce o rzymskich wojownikach stworzyli rzymski legion. Rory, kiedy rozpoznaje Amy od razu ratuje ją przed Cybermenem, po czym przypomina Amy kim jestAmy nie pamiętała kim jest Rory przez usunięcie go z historii w odcinku Zimna krew. Jednak przez to, że rzymski legion, w tym Rory na nowo zostali podporządkowani koalicji, która właśnie uwięziła Doktora w Pandorice, nie z własnej woli zabija on Amy. Jakiś czas po tym Rory, na których rękach znajduje się Amy, spotyka Doktora pochodzącego z przyszłości, który nakazuje mu, aby wydostał jego samego z Pandoriki za pomocą śrubokrętu sonicznego, a na jego miejsce wsadził Amy, która dzięki Pandorice ożyje. Rory tak zrobił, a Doktor, który wyszedł z Pandoriki zaproponował mu, by przeniósł się z nim o 2000 lat, jednak on się nie zgadza, tłumacząc, że dzięki temu Amy w Pandorice będzie bezpieczniejsza. Po 2000 lat Rory stał się strażnikiem w muzeum, w którym znajduje się Pandorika.