Czwarty album był promowany również podczas letnich koncertów wraz z grupą Ill Niño. W listopadzie ukazała się płyta projektu gitarzysty zespołu Marca Rizzo zatytułowana Committee of Thirteen. Natomiast Soulfly zaanonsowało koncerty z grupą Morbid Angel, które odbyły się w styczniu 2005 roku. W kwietniu zespół udał się do Rosji gdzie zagrał w Moskwie, Królewcu, Nowogrodzie i Petersburgu. thumb|Tony Campos, 2013
W 2004 przygotowywano materiał na DVD, zatytułowane The Song Remains Insane i wydane 1 marca 2005. 4 października 2005 został wydany piąty album Soulfly zatytułowany Dark Ages. Według Maxa Cavalery na nazwę albumu (tytułowe mroczne czasy) i jego wydźwięk wpływ wywarły morderstwo jego przyjaciela, gitarzysty Dimebaga Darrella (8 grudnia 2004) oraz nagła śmierć jego wnuka, Mosesa (syn Christiny tj. jego pasierbicy), który zmarł 10 grudnia 2004 w Serbii. Muzycznie treść płyty stanowił mocniejszy powrót do thrash metalu. Poza USA lider Max Cavalera dokonywał nagrań na album w Rosji, Serbii, we Francji (Soulfly V), w Turcji (meczet). W Stanach Zjednoczonych płyta zadebiutowała na 155. miejscu listy Billboard 200, sprzedając się w przeciągu tygodnia w nakładzie 8500 egzemplarzy. W październiku i listopadzie zespół występował wspomagany przez zespoły Throwdown, Bloodsimple i Incite.