Fabuła W świecie przedstawionym oprócz zwykłych ludzi istnieją jednostki, które posiadają nadprzyrodzone zdolności, których nazywa się . Ponadto, ukryci przed opinią publiczną, działają także , zwykli ludzie, którzy potrafią władać magią dzięki wiedzy nabytej przy studiowaniu lub przez wykorzystywanie mistycznych artefaktów. Podczas gdy magowie są stowarzyszeni w bractwach i sektach religijnych, esperzy są związani z instytucjami naukowymi. To prowadzi do spięć i walki pomiędzy frakcjami magów i esperów o władzę nad światem.
Tōma Kamijō, licealista z jednej ze szkół dla ludzi z nadprzyrodzonymi zdolnościami, jest esperem – jego prawa ręka potrafi zanegować każdą nadprzyrodzoną zdolność i czar, ale także każdy możliwy łut szczęścia. Pewnego dnia Tōma spotyka młodą angielkę o imieniu Index, która jest siostrą zakonną należącą do Necessariusa, tajemnego stowarzyszenia działającego w obrębie kościoła anglikańskiego. Index jest mnemonistką – w jej umyśle znajduje się treść ponad 100 tysięcy grymuarów z listy ksiąg zakazanych (Index Librorum Prohibitorum), które przeczytała, a które kościół wycofał z obiegu.