Po zakończeniu II wojny światowej Stoll zamieszkał ponownie w Parchim. W 1945 roku został członkiem Liberalno-Demokratycznej Partii Niemiec, a w 1946 został aresztowany przez NKWD z powodu krytycznych uwag o sowieckiej władzy okupacyjnej. Przez dwa lata przebywał w obozie internowania w Neubrandenburgu. W 1949 roku ponownie aresztowany przez NKWD za rzekome szpiegostwo. W 1950 został skazany bez procesu na dziesięć lat ciężkich robót na Syberii. W 1953 roku zwolniony z więzienia w Związku Radzieckim, powrócił do Parchim. Tam pracował jako niezależny pisarz. W 1957 znów został aresztowany na okres dwóch miesięcy.
Napisał wiele popularnych prac naukowych z zakresu historii i archeologii historycznej, a także powieści i opowiadań. Pełnił też funkcję wydawcy i redaktora, zwłaszcza w edycjach germańskich i starożytnych legend. W 1963 Niemiecki Instytut Archeologiczny (DAI) przyznał mu Medal Winckelmanna, a w 1975 otrzymał artystyczno-literacką nagrodę im. Theodora Fontany.
Publikacje Theodor Kliefoth als Kirchenführer, Göttingen 1936 Capri, Göttingen 1937 Der Tod des Hypathos.