W 1945 wyjechał do Poznania, gdzie na tamtejszym Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza będąc zastępcą profesora kierował Katedrą Dendrometrii na Wydziale Leśnym. W lutym 1946 będąc docentem dendrometrii przedstawił rozprawę habilitacyjną pt. "O kształcie strzał drzew leśnych", w połowie tego samego roku przeprowadził się do Krakowa, gdzie powierzono mu stanowisko kierownika Katedry Dendrometrii Sekcji Leśnej na Wydziale Rolniczym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Prowadził wykłady z dendrometrii, fotogrametrii leśnej oraz urządzania lasu, w lipcu 1948 został profesorem nadzwyczajnym. W 1950 został pierwszym dziekanem nowo utworzonego Wydziału Leśnego, ze względów politycznych (Tadeusz Gieruszyński nie należał do PZPR) w 1952 odwołano go z funkcji dziekana, a dwa lata później zlikwidowano stworzony i kierowany przez niego wydział. W 1954 wyjechał do Poznania, gdzie objął kierownictwo na Wydziale Leśnym Wyższej Szkoły Rolniczej. Rok później otrzymał od prof. Mieczysława Czaji propozycję zorganizowania i kierowania Zakładem Badań Leśnych Polskiej Akademii Nauk, w związku z tym powrócił do Krakowa. Od 1956 równocześnie kierował Katedrą Dendrometrii Sekcji Leśnej na Wydziale Rolniczym Uniwersytetu Jagiellońskiego.