Kariera trenerska Jeszcze będąc piłkarzem rozpoczął pracę szkoleniowca. Najpierw pomagał trenować Tsementchi Quvasoy, w którym też wychodził na boisko, a w 2007 stał na czele klubu. W 2010 dołączył do sztabu szkoleniowego Paxtakoru Taszkent, a po dymisji Ravshana Haydarova 29 września 2011 został mianowany na pełniącego obowiązki głównego trenera klubu, którym kierował do końca roku. W czerwcu 2012 ponownie zaczął pełnić obowiązki głównego trenera, a 29 grudnia 2012 został mianowany na stanowisko głównego trenera PaxtakoruМурад Исмаилов продолжит руководить «Пахтакором» в качестве главного тренера – Газета.uz, który prowadził do końca 2013. 3 stycznia 2014 roku stał na czele Neftchi FerganaMurod Ismoilov „Neftchi” murabbiyi sifatida tanishtirildi / CHAMPIONAT.asiaМурад Исмаилов назначен главным тренером «Нефтчи» / Новости Узбекистана | Свежие новости | UZ24.uz (Archive.org).