Dowództwo Marynarką Wojenną ZSRR dowodził minister Marynarki Wojennej (ludowy komisarz), następnie naczelny dowódca (głównodowodzący), będący zastępcą ministra obrony ZSRR Piotr Smirnow – 1938 (ludowy komisarz Marynarki Wojennej ZSRR); Piotr Smirnow-Swietłowski – 1938 (p.o. ludowego komisarza Marynarki Wojennej ZSRR); komandarm 1 rangi Michaił Frinowski – 8 września 1938 – 6 kwietnia 1939 (ludowy komisarz Marynarki Wojennej ZSRR); admirał floty Nikołaj Kuzniecow (admirał) – 1939 – 1947 (ludowy komisarz Marynarki Wojennej ZSRR); admirał Iwan Jumaszew – 1947 – 1951; wiceadmirał Nikołaj Kuzniecow – 1951 – 1956; admirał/admirał floty/admirał floty Związku Radzieckiego Siergiej Gorszkow – 1956 – 1985; admirał floty Władimir Czernawin – 1985–1991.
Siedziba dowódcy Marynarki Wojennej mieściła się w Moskwie.
Podporządkowany mu był Główny Sztab Marynarki Wojennej i Zarządy Marynarki Wojennej. I zastępca dowódcy Marynarki Wojennej ds.