Choć odzyskali tron, musieli odstąpić królowi szwedzkiemu części Meklemburgii, w tym m.in., Wismar, Neukloster, Warnemünde i wyspę Poel, z czego po pokoju westfalskim Adolf Fryderyk odzyskał tylko Warnemünde. Otrzymał wówczas jednak także tereny biskupstw Schwerinu i Ratzeburga, a także joannicką komandorię Mirow.
Adolf Fryderyk był dwukrotnie żonaty. Pierwszą żoną była Anna Maria (1601–1634), córka Ennona III, hrabiego Fryzji Wschodniej. Z tego małżeństwa pochodziło ośmioro dzieci: Chrystian Ludwik I (1623–1692), następca ojca jako książę Meklemburgii-Schwerin, Zofia Agnieszka (1625–1694), Karol (1626–1670), książę Meklemburgii-Mirowa, Anna Maria Dorota (1627–1669), żona księcia Saksonii-Weissenfels Augusta, Jan Jerzy (1629–1675), Jadwiga (1630–1631), Gustaw Adolf (1632–1670), Juliana (1633–1634).
Drugą żoną Jana Albrechta była od 1635 r. Maria Katarzyna (1616–1665), córka księcia brunszwicko-lüneburskiego na Dannenbergu Juliusza Ernesta.