Do lat 50. XX wieku ostało się na wolności jedynie 200 amazonek niebieskoskrzydłych, a w 1975 liczebność populacji sięgnęła 13 osobników. W sierpniu 1989 według szacunków żyło przynajmniej 47 osobników. 18 września 1989 huragan Hugo uderzył w północno-wschodnie wybrzeże Portoryko, powodując duże straty w populacji. Po przejściu huraganu zostały szacunkowo 23 osobniki. W 2004 dzika populacja wynosiła 30–35 osobników. Obecny zasięg gatunku pokrywa 16 km², 0,2% niegdysiejszego.
Tryb życia i zachowanie Amazonki niebieskoskrzydłe są ptakami dziennymi, zwykle rozpoczynają aktywność pół godziny po wschodzie słońca. W gnieździe są to ptaki skryte, polegające na maskującym zielonym upierzeniu. Poza gniazdem amazonki te mogą jednak zachowywać się głośno i chętnie się odzywać. Po wzniesieniu się do lotu, amazonki niebieskoskrzydłe stają się kontrastowe w stosunku do tła lasu. Amazonka niebieskoskrzydła lata podobnie do innych przedstawicieli rodzaju – w przeciwieństwie do innych amazonek uderza skrzydłami poniżej osi ciała, podczas gdy pozostałe ptaki w większości trzymają skrzydła nad osią ciała podczas lotu.