W Ministerstwie kierował departamentem do spraw konstytucyjnych i ustawodawstwa. Stuckart był jednym z inicjatorów i twórców osławionych Ustaw norymberskich (1935), dyskryminujących niemieckich Żydów. Następnie w 1936, wraz z Hansem Globke, wydał komentarze do narodowosocjalistycznego prawa rasowego. Opublikował także liczne prace dotyczące narodowo socjalistycznej teorii prawa. W 1942 Stuckart wziął udział w konferencji w Wannsee (organizowanej przez Reinharda Heydricha), która zapoczątkowała systematyczną eksterminację europejskich Żydów. Gorąco popierał on w trakcie konferencji plany „ostatecznego rozwiązania”, masową sterylizację wszystkich nie-aryjczyków oraz bezwzględny zakaz tzw. małżeństw mieszanych. W sprawach rasowych Stuckart wykazywał nawet większy radykalizm niż Heydrich.
W 1945 został aresztowany przez aliantów i zasiadł na ławie oskarżonych w tzw. procesie ministerstw (jednym z procesów norymberskich przed Amerykańskimi Trybunałami Wojskowymi). Stuckart twierdził, iż nie wiedział o obozach zagłady, co nie wydaje się odpowiadać rzeczywistości. Mimo że uznany za winnego zbrodni przeciw ludzkości, po ogłoszeniu wyroku został zwolniony z więzienia, gdyż Trybunał uznał, iż Stuckart odbył już swoją karę, przebywając w areszcie przed i w toku procesu.