Ze stanowisk menedżerskich ustąpił w maju 2016 w związku z zaangażowaniem się w działalność polityczną.
Działalność polityczna 9 maja 2016 kanclerz Austrii Werner Faymann podał się do dymisji, ustępując również z funkcji przewodniczącego Socjaldemokratycznej Partii Austrii. Austriackie media już wcześniej wielokrotnie wymieniały Christiana Kerna jako kandydata na jego następcę. Po rezygnacji Wernera Faymanna jego kandydatura powróciła, choć wskazywano również na menedżera mediowego Gerharda Zeilera oraz na Brigitte Ederer z Siemensa.
12 maja 2016 władze socjaldemokratów nominowały go na nowego kanclerza, a także wyznaczyły na kandydata na nowego przewodniczącego SPÖ. Tworzony przez Socjaldemokratyczną Partię Austrii i Austriacką Partię Ludową rząd Christiana Kerna został zaprzysiężony 17 maja 2016. 25 czerwca 2016 Christian Kern formalnie został nowym przewodniczącym socjaldemokratów.
W maju 2017 nowy lider ludowców Sebastian Kurz opowiedział się za przeprowadzeniem przedterminowych wyborów, które rozpisano na październik tegoż roku. Kierowani przez premiera socjaldemokraci odnotowali w nich wynik tożsamy jak w 2013, zdobywając ponownie 52 miejsca w niższej izbie parlamentu, przegrywając jednak z ÖVP.