Jednak w 1587 r., po śmierci Franciszka I i Bianki Capello, kardynał Ferdynand I Medyceusz, młodszy brat Franciszka I, wielki książę Toskanii, nie uznał go za spadkobiercę ojca i następcę tronu księstwa.
W 1594 roku w wieku 18 lat, pod naciskiem wuja, kardynała Ferdynanda I Medyceusza, Antoni wstąpił do zakonu Kawalerów Maltańskich, zobowiązując się do zachowania celibatu. Przez całe życie pozostawał w cieniu wuja, wielkiego księcia Ferdynanda I, który za zrzeczenie się książęcego tytułu oraz prawa do dziedziczenia tronu i wszystkich roszczeń wobec spuścizny po ojcu, przyznał mu trzy tysiące koron rocznie oraz pozwolenie na pobyt w pałacu Pitti, oficjalnej rezydencji wielkiego księcia Toskanii. Po wystąpieniu w 1598 r. z zakonu zajmował się dyplomacją. W 1614 r. zrezygnował z dyplomacji i aż do śmierci mieszkał w jednym z willi Mecydeuszy, utrzymując się ze skromnej emerytury. Zmarł we Florencji 2 maja 1621 r. Został pochowany we Florencji w kaplicy książąt Medyceuszy przy kościele San Lorenzo.