Zgodnie z pierwotnymi planami czechosłowacka służba hydrologiczna miała być związana z urzędami ziemskimi w Pradze, Brnie, Bratysławie i Użhorodzie. Ostatecznie regionalny oddział instytutu w Ostrawie powstał w 1942 roku, w Brnie w 1949 roku, a w Bratysławie w 1951 roku. Ten ostatni został usamodzielniony w ramach federalizacji państwa w 1968 roku jako Výskumný ústav vodného hospodárstva, a placówki w Ostrawie i Brnie pozostały filiami VÚV.
Do zadań z początkowego zakresu hydrologii i hydrotechniki po II wojnie światowej, zwłaszcza od 1951 roku, zaczęły dochodzić kolejne gałęzie gospodarki wodnej, w tym zagadnienia ochrony wód i monitoringu jakości wód. Jednocześnie służba hydrologiczna i meteorologiczna przeszła do innego instytutu (obecnie Czeski Instytut Hydrometeorologiczny). Z kompetencji instytutu wówczas usunięto również zagadnienia związane z glebami. Gospodarka ściekowa została zaś włączona w te kompetencje w roku 1999.
Instytut początkowo podlegał czechosłowackiemu ministerstwu robót publicznych. Resort środowiska przejęło go po powstaniu odpowiedniego ministerstwa w roku 1989. Rok później przywrócono mu imię Masaryka. Nowy status instytut uzyskał na przełomie lat 2006 i 2007.