II wojna światowa Władze okupayjne powołały obywateli niemieckich na stanowiska kierownicze. Dyrektorem naczelnym we wrześniu 1939 został członek NSDAP inżynier Torsten Müller, były pracownik fabryki BASF w Bawarii. Dyrektorem technicznym został dr inż. Herbert Groll, dyrektorem handlowym Georg Körner.
W okresie okupacji w Mościcach produkowano nawozy: saletrę wapniową, siarczan amonu, saletrzak oraz niewielką ilość nawozów fosforowych: dwufosfatu i mączki fosforytowej, a ponadto m.in.: kwas azotowy techniczny oraz stężony, nitrozę, saletrę amonową, tlen sprężony, sodę kaustyczną, kwas solny, chlor skroplony, herbatox (chloran wapnia). W latach okupacji dużą część produkcji ograniczono, bądź zaprzestano. Okupant dążył do utrzymania głównie produkcji wyrobów mających zastosowanie w warunkach wojennych. W tym okresie rozpoczęto, na bazie instalacji nitrofosu, produkcję 20,5% saletrzaku granulowanego. Od początku 1944 r. Niemcy w obliczu klęski militarnej zalecili demontaż wyposażenia fabrycznego i jego wywóz w głąb Rzeszy. Produkcja została praktycznie zaprzestana.