W tej sytuacji pedagodzy włodawskiego gimnazjum i liceum rozpoczęli tajne nauczanie, którym formalnie kierował dyrektor Franciszek Cichecki, faktycznie zaś Wacław Derejczyk, nauczyciel języka polskiego, niemieckiego i historii. Włodawscy gimnazjaliści obok tajnych kompletów w konspiracji utworzyli organizację harcerską. Na początku 1940 r. harcmistrz Piotr Kołodziejek zorganizował we Włodawie działalność Szarych Szeregów, polegającą m.in. na szkoleniach z bronią i obserwacji ruchów wojsk niemieckich. W okresie od kwietnia do czerwca 1941 r. Niemcy zlikwidowali cały trzon organizacji, aresztując około 50 osób, głównie gimnazjalistów. Do rozpracowania grupy przyczyniły się błędy młodych konspiratorów oraz zdobycie przez okupanta przedwojennej dokumentacji włodawskiego hufca. Aresztowani po przesłuchaniach w miejscowym gestapo trafili do więzienia na zamku lubelskim, a następnie do Oświęcimia (chłopcy) i Ravensbrück (dziewczęta). Większość uczniów wywiezionych do obozów koncentracyjnych zginęła w nich w ciągu pierwszych kilkunastu miesięcy pobytu.