Rozgrywki 1/16 finału Losowanie Formalnego losowania par 1/16 finału nie było - zespoły zostały połączone w pary z wykorzystaniem klucza geograficznego. Z uwagi na brak przedstawiciela województwa kujawsko-pomorskiego jako 16. drużyna został zaproszony Real Astromal Leszno. Obrońca tytułu Vive Tauron Kielce oraz ubiegłoroczny finalista Orlen Wisła Płock, jako zespoły występujące w EHF CLna podstawie §4, ust. 3 pkt. 1 Regulaminu rozgrywek o PGNiG Puchar Polski mężczyzn obowiązujący w sezonie 2016/2017, otrzymali wolny los w fazie 1/16 i dołączą do rozgrywek na etapie 1/8 finału.
16 drużyn ze szczebla wojewódzkiego zostały połączone w pary z 12. zespołami z Superligi tworząc czternaście par 1/16 finału. W tej fazie rozgrywek rozegrane zostaną pojedyncze spotkania bez meczów rewanżowych i wstępnie zostały zaplanowane na 14 grudnia 2016.
Zestawienie par
Wyniki