Cała północna ściana ze szkła oraz świetlik zostały wyposażone w regulatory natężenia światła, stosownie do różnorodnych wymagań nowej przestrzeni wystawowej. W dwóch ostatnich, najmniejszych ulokowano biura administracji, pracownie konserwacyjne i techniczne. Na przeszklonym parterze umieszczono pokoje edukacyjne, kawiarnię oraz centrum informacji. Wejście do muzeum, mające formę atrium zbudowano od strony Evans Way. Budynek otrzymał certyfikat LEED. 19 stycznia 2012 roku został otwarty.
Zbiory W momencie otwarcia w muzeum nalazło się wiele cennych, europejskich dzieł sztuki. Pomocą w ich nabywaniu służył Isabelli Stewart Gardner dawny znajomy, krytyk sztuki, Bernard Berenson. To on doradził jej zakup obrazów z epoki włoskiego renesansu. Tylko nieliczni kolekcjonerzy byli wtedy zainteresowani tego typu dziełami, a Gardner była jedną z pierwszych, która zaczęła je z całą powagą gromadzić. Kupowała je od zubożałych klasztorów i pomniejszych rodzin książęcych. W jej muzeum znalazło się słynne Porwanie Europy Tycjana, a także jedno z arcydzieł malarstwa holenderskiego, Koncert Jana Vermeera.