Był jednym z dziesięciu dziennikarzy, inwigilowanych w latach 2005–2007. Policja przyznała, że prowadziła działania wobec dziennikarzy. W przypadku podsłuchiwania Marka Balawajdera, w piśmie z 18 czerwca 2009 czyta, że chodziło o dobro operacji biura spraw wewnętrznych KG Policji, które w Krakowie tropiło powiązania policjantów z właścicielami firm holujących samochody. Balawajder miał na ten temat materiał, który chciał ujawnić w Radiu RMF FM, policja była temu przeciwna. Pismo nie wyjaśnia, dlaczego zarządzono kontrolę jego telefonu, ale potwierdza ten fakt.
. . Członek kapituły Złotej Gruszki, oraz członek kapituły Nagrody Radia ZET im. Andrzeja Woyciechowskiego.
Życie prywatne Żoną Marka Balawajdera jest Magdalena Agnieszka Balawajder, policjantka w stanie spoczynku, która od 10 listopada 2021 r. pełni funkcję członka rady nadzorczej Rosomak SA, należącej do skarbu państwa oraz pracuje w zależnej od PKN Orlen spółce ORLEN Unipetrol jako dyrektor ds.