Pierwsze zwycięstwo ŁKS odniósł dopiero w 7. serii spotkań (de facto 9. kolejka)Zdecydowana większość meczów kolejek ligowych nr 3 i 4 zostało rozegranych w późniejszym terminie niż zaplanowano, a to ze względu na strajk klubów, buntujących się przeciwko polityce prowadzonej przez ówczesne władze PZPN.. W międzyczasie nastąpiła pierwsza z dwóch w sezonie zmian na stanowisku I trenera – w miejsce Marka Dziuby przydzielono do tej roli Bogusława PietrzakaDruga zmiana nastąpiła w kwietniu 1999. Bogusława Pietrzaka zastąpił Ryszard Polak.. Dzięki dobrej drugiej części rundy jesiennej ełkaesiacy wydostali się ze strefy spadkowej i ostatecznie zajęli bezpieczną 12. pozycję w tabeli.
W trakcie przerwy zimowej klub został ponownie osłabiony. Do wspomnianych wcześniej Tomasza Kłosa i Mirosława Trzeciaka dołączyli m.in. Tomasz Kos, Omodiagbe Darlington (wypożyczenie do niemieckiego FC Gütersloh), Grzegorz Krysiak, Tomasz Cebula (wypożyczenie do Śląska Wrocław), a także najlepszy strzelec drużyny (6 bramek), Rafał Niżnik (sprzedany do Brøndby IF).