Dolny kościół Na szklanych ścianach wokół wejścia umieszczono w styczniu 2013 cytaty ofiar terroru nazistowskiego. Za schodami do górnego kościoła umieszczono zejście do krypty. Ściany wyłożono czarnymi płytami. Pomieszczenie jest podzielone betonową ścianą na dwie części, pełniące różne funkcje.
thumb|upright|left|Erich Klausener, 1933
Przednia część, z pomalowaną od tej strony na jasnożółty ścianą działową przypomina grobowiec i upamiętnia męczenników za wiarę i wolność sumienia w latach 1933-1945. Przed ścianą stoi Pietà z brązu autorstwa Fritza Königa. Pod posadzką umieszczono trzy sarkofagi. Prawy zawiera urnę z prochami Ericha Klausenera, zastrzelonego w 1934 na rozkaz przywódcy gestapo, Reinharda Heydricha. Urnę przeniesiono z cmentarza św. Mateusza w dzielnicy Tempelhof i złożono w tym miejscu 4 maja 1963, w przeddzień konsekracji kościoła. W lewym sarkofagu miały się znaleźć prochy proboszcza berlińskiej katedry, Bernarda Lichtenberga, który zmarł w 1943 w Hof nad Soławą podczas transportu do KZ Dachau i został pogrzebany 16 listopada 1943 na cmentarzu katedralnym przy Liesenstraße. Władze Niemieckiej Republiki Demokratycznej odmówiły ekshumacji i przekazania prochów na teren Berlina Zachodniego, a szczątki złożono później w 1965 w krypcie w położonej na terenie Berlina Wschodniego katedrze św. Jadwigi.