w 2003

18 lipca 2002, Stephanie McMahon powróciła do WWE (wcześniej WWF; nazwa została zmieniona po procesie z World Wildlife Fund) jako Generalna Menedżerka SmackDown!. Była postacią pozytywną i faworyzowała inne dobre postaci. Rywalizowała z Generalnym Menedżerem Raw, Erikiem Bischoffem. Stephanie przypisuje się przywrócenie do WWE tytułu WWE United States Championship i stworzenie WWE Tag Team Championship. Zakontraktowała Hulka Hogana do brandu SmackDown!, co doprowadziło do pogorszenia jej relacji z Vince’em.

Punktem kulminacyjnym rywalizacji Stephanie z jej ojcem był kontrowersyjny „Father-Daughter I Quit match” na No Mercy. Stephanie towarzyszyła jej matka, Linda, zaś Vince’owi – jego kochanka, Sable. Walka zakończyła się, gdy Linda wrzuciła do ringu biały ręcznik, sygnalizując poddanie się Stephanie. McMahon nie pojawiła się w programach telewizyjnych federacji przez następne dwa lata.

Sporadyczne występy (2005–2007) McMahon powróciła jako bohaterka negatywna w październiku 2005 roku. Wraz z rodzicami zwolniła komentatora Jima Rossa.

Ciężarna McMahon pojawiła się na odcinku Raw w marcu 2006. Odurzyła Shawna Michaelsa przed jego walką z Shane’em McMahonem.