W 1710 roku Maninowie nabyli prawo do pochówku pod ołtarzem, co według starożytnej tradycji weneckiej szlachty oznaczało prawo do zbudowania kaplicy mającej służyć jako rodzinny grobowiec.
Prace rozpoczęto od rozbiórki starego kościoła w 1715 roku. Zadanie zbudowania nowego kościoła powierzono Domenico Rossiemu, ulubionemu architektowi rodziny Manin. Za wzór posłużył jezuicki kościół Il Gesù w Rzymie. Jezuici odpowiadali za zbudowanie kościoła, natomiast Maninowie zajęli się dekoracją wnętrza oraz zbudowaniem ołtarza głównego. Kościół został konsekrowany i zaczął być używany około roku 1721–22, kiedy ukończone były zaledwie dwa ołtarze: ołtarz główny (Trójcy Świętej) i ołtarz w kaplicy po prawej stronie (św. Franciszka Ksawerego). Budowę kościoła ukończono w 1730 roku. Posiada on określony walor polityczny i religijny; jest widocznym symbolem powrotu jezuitów do Wenecji, a także wyrazem ich związku z Rzymem i z kulturą wenecką.