1 kwietnia 1939 roku powrócił do Sztabu Głównego na stanowisko I zastępcy szefa Oddziału II.
W 1939 roku poniósł klęskę zawodową, wywiad wojskowy w ZSRR nie przewidział wrogich planów tego kraju wobec PolskiAndrzej Krajewski, Gra ze Wschodem Newsweek 13 września 2009 [data dostępu: 9 czerwca 2016]., a on sam oficjalnie odrzucał jakiekolwiek zagrożenie ze strony ZSRR, w związku z czym został przez wielu uznany za spiskującego z tym krajemMarian Zacharski, Operacja Reichswehra. Kulisy wywiadu II RP, Wyd. Zysk i Ska..
W czasie kampanii wrześniowej 1939 roku stał na czele II rzutu (krajowego) Oddziału II. W tym samym miesiącu przedostał się do Rumunii, a później do Francji. Początkowo został wyznaczony na stanowisko oficera do specjalnych zadań. Następnie, do 5 czerwca 1940 roku, pełnił służbę na stanowisku zastępcy szefa Sztabu Naczelnego Wodza. W latach 1940–1941 był szefem sztabu 7 Brygady Kadrowej Strzelców. W 1942 został powołany na komendanta Centrum Wyszkolenia Piechoty. W 1944 został szefem Centrum Wyższych Studiów Wojskowych, a od marca 1945 Wyższej Szkoły Wojennej. Od 1945 był redaktorem i stałym współpracownikiem ukazującego się w Londynie polskiego czasopisma wojskowego Bellona, gdzie publikowano jego felietony.