Objaśnienia: Pelikan Niechanowo, wicemistrz III ligi kujawsko-pomorsko-wielkopolskiej zrezygnował z gry w III lidze po zakończeniu sezonu 2015/2016, w związku z czym dodatkowo utrzymała się Elana Toruń. Vineta Wolin przegrała swoje mecze barażowe o awans do II ligi z Odrą Opole, mistrzem III ligi opolsko-śląskiej. Rol.Ko Konojady, mistrz IV ligi kujawsko-pomorskiej zrezygnował z awansu do III ligi (drużyna została rozwiązana), dzięki czemu awansował wicemistrz Chemik Bydgoszcz. Górnik Konin, mistrz IV ligi wielkopolskiej południowej wygrał swoje mecze barażowe o awans do III ligi z Wartą Międzychód, mistrzem IV ligi wielkopolskiej północnej.
Tabela
||rowspan=10|
||rowspan=2|
Grupa III
Drużyny
Objaśnienia: Górnik Wałbrzych przegrał swoje mecze barażowe o awans do II ligi z Polonią Warszawa, mistrzem III ligi łódzko-mazowieckiej. Spadkowicz z II ligi Nadwiślan Góra nie otrzymał licencji na grę w III lidze w sezonie 2016/2017, w związku z czym dodatkowo utrzymał się Ruch Zdzieszowice. Unia Turza Śląska, mistrz IV ligi śląskiej II wygrała swoje mecze barażowe o awans do III ligi z Gwarkiem Tarnowskie Góry, mistrzem IV ligi śląskiej I.
Tabela
||rowspan=14|
Grupa IV
Drużyny