Zespoły przydzielono do danych rund fazy kwalifikacyjnej oraz fazy grupowej zgodnie z rankingiem współczynników ligowych UEFA na rok 2016.
Prawo udziału w rozgrywkach można było uzyskać poprzez: zajęcie odpowiedniego miejsca w tabeli ligowej, zwycięstwo w edycji 2015/2016 Ligi Mistrzów UEFA (jeśli zdobywca tego trofeum nie uzyska miejsca w Lidze Mistrzów lub Lidze Europy UEFA 2016/2017 dzięki pozycji zajętej w rozgrywkach krajowych), zwycięstwo w edycji 2015/2016 Ligi Europy UEFA (jeśli zdobywca tego trofeum nie uzyska miejsca w Lidze Mistrzów lub Lidze Europy UEFA 2016/2017 dzięki pozycji zajętej w rozgrywkach krajowych).
Lp. FederacjaWspół.Drużyny1 99,999 4+1Zwycięzca Ligi Europejskiej z poprzedniego sezonu, Sevilla FC otrzymała dodatkowe miejsce ze względu na wygraną w rozgrywkach.2 80,391 43 79,4154 70,510 35 61,3826 52,4167 50,498 28 45,1669 40,97910 37,20011 34,37512 32,60013 31,90014 29,12515 26,29916 25,675 117 23,50018 22,30019 21,500Lp. FederacjaWspół.Drużyny20 21,000 121 20,75022 19,80023 17,90024 17,72525 16,75026 14,37527 13,87528 13,62529 12,50030 11,25031 11,00032 10,37533 10,00034 9,37535 8,20036 8,00037 7,500Lp.