Około 5:00 czasu lokalnego funkcjonariusze SWAT weszli do klubu i rozpoczęła się wymiana ognia ze sprawcą. W wyniku akcji trzydzieścioro zakładników zostało uwolnionych, a jeden z policjantów otrzymał niegroźne obrażenia głowy, i z uszkodzonym okiem został przewieziony do szpitala. O 5:53 w nocy policja miasta Orlando potwierdziła, że w szturmie na miejscu zginął również napastnik.
Na wieść o sytuacji kryzysowej dziesiątki osób zgłosiło się do regionalnych centrów krwiodawstwa i uruchomionych w tym celu specjalnych autobusów by oddać krew. Lokalne centrum społeczności LGBT uruchomiło także pomoc psychologiczną dla osób, które przeżyły zamach.
Tego samego dnia inny mężczyzna został aresztowany w drodze na festiwal w mieście West Hollywood (w którym osoby orientacji homoseksualnej stanowią ponad jedną trzecią mieszkańców). W jego samochodzie znaleziono broń palną i amunicję. Nie są znane powiązania pomiędzy tym zajściem a zamachem w Orlando. Z powodu zatrzymania mężczyzny, zwiększono ochronę odbywającego się festiwalu.
Śledztwo mały|lewo|Półciężarówka grupy antyterrorystycznej SWAT przed klubem Pulse