Mury, które otaczały miasto, służyły głównie ludności wiejskiej do ochrony przed piratami, którzy napadali wyspy Maltańskie w celu zdobycia niewolników.
Największy z takich napadów miał miejsce w lipcu 1551 r., kiedy 10 000 Turków osmańskich najechało Gozo i oblegało Cittadellę. Miasto, będące pod kontrolą gubernatora Gelatiana de Sessy, skapitulowało po kilku dniach ostrzału. Ludność Gozo, w ilości 5000-6000, schroniła się wcześniej w Cittadelli, i po jej zdobyciu została uprowadzona przez korsarzy. Jedynie jeden zakonnik i 40 starców, których piraci oszczędzili, oraz około 300 osób, którym udało się uciec przez mury miasta, uniknęli uprowadzenia w niewolę.
Po inwazji, zniszczone fortyfikacje miasta zostały naprawione, lecz nie ulepszone. W późnych latach XVI wieku, dwóch architektów – Giovanni Rinaldini i Vittorio Cassar, wysunęli wniosek o odnowienie miasta. Począwszy od roku 1599, kompletnie przebudowano wejście i południowe mury, co zmieniło miasto z małego zamku w silną fortecę. W roku 1603 prace osiągnęły zaawansowany poziom, a całość przebudowy została ukończona w roku 1622. Z przeciwnej, północnej strony, mury twierdzy pozostały w swoim oryginalnym średniowiecznym kształcie.