W 1686 roku zostały wybite okna nad nawami bocznymi, w 1687 roku została wykonana chrzcielnica, organy wykonane w 1688 – 1689 roku przez Andrzeja Teusnera z Quedlinburga, zostały zastąpione nowym instrumentem, wykonanym przez Wilhelma Schefflera w 1753 roku.
W 1765 roku następny pożar zniszczył górną część wieży i dzwony; po odbudowie wieża otrzymała dach mansardowy, natomiast w 1821 roku zostały wyremontowane organy. W 1934 roku firma Sauer z Frankfurtu nad Odrą wykonała nowe 44-głosowe organy o numerze opusowym 1498. Był to instrument koncertowy, składający się z czterech sekcji, każda po 11 głosów. Został wbudowany w istniejącą barokową szafę składającą się z instrumentu głównego i pozytywu zawieszonego w emporze chóru muzycznego. Był chlubą kościoła i całego Bierutowa, z którego Bierutowianie byli bardzo dumni. Niestety w tajemniczych okolicznościach został w 1949 roku zdemontowany i wywieziony do Inowrocławia, gdzie w niezbyt szczęśliwy sposób, nadając mu zupełnie inny wygląd zmontowano go w kościele św. Mikołaja.
Po 1945 roku świątynia została zdewastowana i ograbiona, została wywieziona duża część wyposażenia.