gracz może nieść szereg broni, które znajduje za pośrednictwem przebiegu gry, ale musi również zlokalizować amunicje dla większości broni. Postać gracza jest chroniona przez kombinezon HEV, który monitoruje kondycję gracza i może być ładowany, służy jako tarcza, wchłaniając ograniczoną ilość obrażeń. Apteczki i akumulatory można znaleźć rozrzucone w grze, a także stacje, w których można ładować zarówno zdrowie, jak i kombinezon.
Fabuła Fabuła Black Mesa jest niemal identyczna jak ta z oryginalnego Half-Life'a, do rozdziału Rdzeń Lambda. Podobnie jak w oryginalnej grze, gracz kontroluje Gordona Freemana, naukowca pracującego w tajnej bazie Black Mesa znajdującej się gdzieś na pustyni w stanie Nowy Meksyk w USA. Zostaje zmuszony do walki m.in. ze stworzeniami z innego świata o nazwie Xen, po tym jak nastąpiła kaskada rezonansowa podczas utraty kontroli nad jednym z eksperymentów. Freeman przetrwa, znajdzie innych ocalałych i sprawia, że dostaje się na powierzchnię dzięki kombinezonowi, który chroni go przed zagrożeniami. Po dotarciu na powierzchnię, znajduje obiekt oczyszczony z jakiejkolwiek żywej istoty – człowieka lub obcej – przez siły zbrojne.