W południowej części Niziny Środkowodunajskiej, na południe od Dunaju i Drawy, występują panońskie góry wyspowe – grupa reliktowych pasm gór średnich i niskich oraz wzgórz, nie związanych z żadnym z sąsiednich systemów górskich.
Gleby mają w większości pochodzenie rzeczne. W dolinach rzek są to gleby aluwialne, w wyższych partiach stepowe czarnoziemy, występują również gleby eoliczne – lessy i piaski. Na terenach rozległych niegdyś, obecnie osuszonych bagnisk występują gleby bagienne i torfowe. Wszystkie odznaczają się wysoką urodzajnością – z wyjątkiem zasolonych gleb zwanych na Węgrzech szik, występujących na pusztach.
Największą rzeką Niziny Środkowodunajskiej i jej osią hydrograficzną jest Dunaj. Nizina w całości mieści się w jego zlewni. Dunaj wkracza na teren niziny w jej północno-zachodnim narożniku poprzez przełomową Bramę Hainburską, potem płynie na wschód, w kolejnym przełomowym odcinku (Zakole Dunaju) skręca na południe i przecina niemal całą nizinę. Na jej południowym skraju skręca na południowy wschód, przyjmuje kilka wielkich dopływów i opuszcza nizinę tworząc kolejny przełom – między Karpatami Południowymi a Górami Wschodnioserbskimi, ze słynną Żelazną Bramą.