Po obaleniu Dżafara Muhammad an-Numajriego w 1985 wprowadzono system wielopartyjny i rządu pięcioosobowej Rady Najwyższej. W 1989 roku w wyniku zamachu stanu władzę przejęła Rada Dowództwa Rewolucji Ocalenia Narodowego (rozwiązana w 1993 roku). W 2002 roku ponownie ogłoszono zawieszenie broni w wojnie domowej, mimo to walki toczyły się nadal. W trwającej od początku lat 80. XX w. konflikcie zginęło ok. 2 mln osób (głównie niemuzułmańska ludność Południa). Porozumienie pokojowe między rządem a bojownikami z Południa podpisano w styczniu 2005 roku. W czerwcu 2005 Międzynarodowy Trybunał Karny w Hadze wszczął śledztwo w sprawie zbrodni wojennych w Darfurze (w którym zginęło 180 tys. osób, a 2 mln schroniło się w obozach dla uchodźców). Na mocy porozumienia ze stycznia, 9 lipca 2005 John Garang (lider rebeliantów z Sudanu Południowego) został wiceprezydentem Sudanu i szefem administracji Sudanu Południowego. 30 lipca 2005 Garang zginął w katastrofie lotniczej. W styczniu 2011 roku odbyło się referendum niepodległościowe w Sudanie Południowym. 9 lipca 2011 roku Sudan Południowy ogłosił niepodległość.