Alaemon alaudipes desertorum został opisany przez Stanleya w 1814; opis ukazał się w „Voyage en Abyssinie”. Początkowo podgatunek otrzymał nazwę Alauda desertorum. Holotyp pochodził z Etiopii.
Nazewnictwo Epitet gatunkowy alaudipes pochodzi od dwóch łacińskich słów: alauda – skowronek i pes – stopa. Skowron pustynny to jedyny gatunek z takim epitetem gatunkowym. W języku angielskim ptaki te nazywane są Greater Hoopoe-lark lub po prostu Hoopoe Lark; w użyciu są także nazwy Bifasciated Lark i Large Desert Lark.
Podgatunki i zasięg występowania IOC wyróżnia następujące podgatunki: A. a. boavistae Hartert, 1917 – dwie spośród Wysp Zielonego Przylądka – Boa Vista i Maio A. a. alaudipes (Desfontaines, 1789) – Sahara (od południowego Maroka po Mauretanię, północne i centralne Mali, środkowy Niger, centralny i wschodni Czad oraz północny Sudan) na wschód po Syrię, Jordanię i północny Półwysep Arabski A. a. desertorum (Stanley, 1814) – wybrzeże Morza Czerwonego od wschodniego Sudanu (Port Sudan) na południe po północno-zachodnią Somalię oraz obszar od centralnej Arabii Saudyjskiej (okolice Dżuddy) na południe po południowy Jemen (okolice Adenu) A. a.