Ekologia i zachowanie thumb|Skowron pustynny (zdjęcie z okolic granicy mauretańsko-marokańskiej) thumb|Alaemon alaudipes alaudipes Skowrony pustynne zamieszkują pustynie i półpustynie, a także całkowicie nagie solniska. W rezerwacie Mahazat as-Sayd, gdzie występują te ptaki, średnia roczna suma opadów wynosi 90 ± 70 mm. Znajdują się tam głównie płaskie obszary pokryte żwirem i trawami (m.in. prosem Panicum, Stipagrostis i Lasurius) i małymi krzewami, jak solanka (Salsola) i indygowiec (Indigofera), poprzedzielane uedami, których brzegi porastają akacje (Acacia).
Skowrony pustynne spotykane są przeważnie pojedynczo lub w parach, w których poszczególne osobniki są od siebie stosunkowo daleko. Swoim zachowaniem skowronki te przypominają rączaki (Cursorius). Drepczą, co jakiś czas gwałtownie się zatrzymując i prostując się lub wyciągając z ziemi pokarm. Przed zagrożeniem zwykle uciekają piechotą, do lotu podrywają się niechętnie i tylko w razie konieczności. Lot podobny jak u dzierlatki (Galerida cristata); sprawia wrażenie, jakby ptak się błąkał.