W 1983 Mahmud Muhammad Taha i grupa jego zwolenników zostali aresztowani, gdy sudański dyktator Dżafar Muhammad an-Numajri zdecydował się wprowadzić w całym kraju surową wersję szariatu jako prawo obowiązujące także niemuzułmanów. Przebywał w więzieniu przez półtora roku. Po zwolnieniu wydał ulotkę, w której pisał, że każdy obywatel ma prawo do równego traktowania, a respektowanie praw obywateli wynikało wprost z objawienia Koranu. Z tego powodu został aresztowany ponownie i oskarżony o apostazję. Ogłosił, że sąd religijny nie ma prawa go sądzić, odmówił wyrażenia skruchy i po kilkugodzinnym procesie został skazany na śmierć. Publiczna egzekucja przez powieszenie odbyła się 18 stycznia 1985 na dziedzińcu więzienia Kubir w Chartumie Północnym. Zwłoki filozofa pochowano w nieznanym miejscu na pustyni. Ruch jego zwolenników uległ całkowitemu rozproszeniu, niektórzy członkowie organizacji Braci Republikańskich pod przymusem wyrzekli się swoich poglądów, a egzemplarze książek Tahy były palone. Według innego źródła większość zwolenników Tahy opuściła Sudan, a wielu z nich na emigracji nadal głosi koncepcje wypracowane przez filozofa.