Wnętrze Kostaryki spenetrowane zostało w 1522 przez wyprawę, której przewodził Gil Gonzáles Dávila i Francisco Hernández de Córdoba.
Ziemie Kostaryki włączono do królestwa Nowej Hiszpanii w 1535, jednak władztwo Hiszpanów było tutaj pozorne. Faktycznie obszar ten podbił w imieniu Hiszpanii w latach 1561–1565. Założył on pierwszą stolicę Kostaryki Cartago. Już w czasie podboju de Coronado miejscowi Indianie występowali zbrojnie przeciwko Hiszpanom. Kolejne bunty w latach 1673 i 1709 spotkały się z ostrą reakcją kolonizatorów i doprowadziły do ich nieomal całkowitego wyniszczenia Indian.
Okres kolonialny thumb|Położenie prowincji na tle innych posiadłości hiszpańskich W 1574 po wyznaczeniu granic Kostaryka została włączona do Audiencji Gwatemali (kapitanii generalnej Gwatemali). Ponieważ znajdowała się na jej peryferiach miała bliższe relacje z sąsiadującą z nią Panamą. Od momentu pojawienia się stałych osiedli hiszpańskich na tym terenie eksportowano na teren przesmyku surowce spożywcze, takie jak mąka, kukurydza, drób i żywa trzoda chlewna. Transport odbywał się głównie przy pomocy floty handlowej. Załadunek towarów miał najczęściej miejsce w portach karaibskich takich jak Puenta Blanca, Suerre i Moín oraz La Caldera na wybrzeżu Oceanu Spokojnego.