Wraz z przybyciem na stację Sojuza MS-01 skład załogi zwiększył się do 6 osób. Dla Amerykanki Kathleen Rubins był to pierwszy lot w kosmos, podobnie jak dla Japończyka Takuyamy Onishiny. Natomiast Rosjanin Anatolij Iwaniszyn odbył wcześniej lot na pokładzie Sojuza TMA-22 oraz był członkiem 29. i 30. stałej załogi ISS.
Załoga rezerwowa Załogę rezerwową stanowiły odpowiednie załogi rezerwowe Sojuza TMA-20M i Sojuza MS-01. Jako dublerzy pierwszej trójki załogi mianowani zostali: Siergiej Ryżykow, Roskosmos – wcześniej nie odbył żadnego lotu kosmicznego, Andriej Borisienko, Roskosmos – wcześniej odbył jeden lot kosmiczny, Robert Kimbrough, NASA – wcześniej odbył jeden lot kosmiczny. Powyższa trójka astronautów stanowi skład podstawowej załogi Sojuza MS-02 oraz Ekspedycji 49 i 50.
Jako zastępcy drugiej trójki kosmonautów Ekspedycji 48 mianowani zostali: Oleg Nowicki, Roskosmos – wcześniej odbył jeden lot kosmiczny, Thomas Pesquet, ESA – wcześniej nie odbył żadnego lotu kosmicznego, Peggy Whitson, NASA – wcześniej odbyła dwa loty kosmiczne. Powyższa trójka astronautów stanowi skład podstawowej załogi Sojuza MS-03 oraz Ekspedycji 50 i 51.