Przebieg misji Misja 48. stałej załogi rozpoczęła się 18 czerwca 2016 roku o 5:52:33 czasu UTC wraz z odłączeniem się od stacji statku Sojuz TMA-19M. Początkowo do stacji zadokowany był jedynie Sojuz TMA-20M (do modułu Poisk), ale 9 lipca 2016 roku do ISS dołączył również Sojuz MS-01 (do modułu Rasswiet). Misja Ekspedycji 48 dobiegła końca 6 września 2016 roku o 21:51:31 UTC wraz z odłączaniem się od stacji statku Sojuz TMA-20M.

Loty transportowe 240px|thumb|Statek Progress MS-02 zbliżający się do stacji Statki Progress MS-01 i MS-02 dotarły na ISS przed rozpoczęciem Ekspedycji 48. Ten pierwszy z nich odłączył się od stacji 3 lipca 2016 roku i kilka godzin później spłonął w atmosferze. Jego odcumowanie zwolniło port dokujący w module Pirs. Natomiast Progress MS-02 zadokowany jest do modułu Zwiezda i pozostanie tam przez cały czas trwania misji Ekspedycji 48. Był on również wykorzystany do korekty orbity ISS, gdyż stacja ciągle obniża swoją wysokość na skutek tarcia o szczątkowe fragmenty atmosfery.