Statek transportowy pozostał zadokowany do stacji do 3 lipca 2016 roku, gdy o 3:48 UTC odłączył się ISS. Tego samego dnia o 07:03 UTC dokonano jego deorbitacji i w efekcie o 7:50 UTC spłonął on nad Pacyfikiem.
Ładunek Całkowity ładunek dostarczony przez Progressa MS-01 na Międzynarodową Stację Kosmiczną ważył 2436 kg. W przednim module hermetycznym umieszczono m.in.: 196 kg sprzętu do systemu zaopatrzenia stacji w wodę, 199 kg przedmiotów sanitarno-higienicznych, 60 kg zaopatrzenia medycznego i personalnego załogi, 379 kg pożywienia, 7 kg sprzętu do systemu przeciwpożarowego stacji, 6 kg sprzętu do systemu kontroli temperatury stacji, 162 kg sprzętu do systemu zasilającego stację w energię elektryczną, 35 kg przedmiotów wsparcia załogi (dokumentacja, baterie, dyski twarde), 19 kg materiałów do badań naukowych, 36 kg przedmiotów do dodatkowego wyposażenia modułów Zaria, Poisk i Pirs, 85 kg przedmiotów dla załogi (ubrania, środki higieny osobistej, przesyłki personalne), 38 kg sensorów badających środowisko na stacji oraz sprzętu potrzebnego podczas spacerów kosmicznych. W module niehermetycznym Progressa znajdowało się m.in.: 880 kg