Ładunek Całkowity ładunek, który Progress MS-03 dostarczył na Międzynarodową Stację Kosmiczną miał masę 2405 kg. W przednim module hermetycznym umieszczono m.in.: 273 kg sprzętu do systemu zaopatrzenia stacji w wodę (m.in. zbiornik wody, bloki chemiczne i akcesoria), 148 kg przedmiotów sanitarnych i higienicznych (m.in. pojemniki do odpadów), 135 kg zaopatrzenia medycznego (m.in. sprzęt do monitorowania zdrowia i profilaktyki przed niekorzystnym wpływem skutków nieważkości), 318 kg pożywienia (pojemniki z racjami żywnościowymi i zestawy świeżej żywności), 19 kg sprzętu do systemu kontroli temperatury wewnątrz stacji, 78 kg sprzętu do systemu zasilającego stację w energię elektryczną (akumulatory), 22 kg sprzętu do systemu nawigacji, 31 kg przedmiotów wsparcia załogi (dokumentacja, przenośny odtwarzacz, baterie, pojemniki do pakowania przedmiotów), 15 kg materiałów do badań naukowych i maszyna Ray-2M do prowadzenia eksperymentów, 122 kg dodatkowego wyposażenia modułów w rosyjskim segmencie stacji, 22 kg przedmiotów dla załogi (ubrania, środki higieny osobistej, przesyłki personalne). W module niehermetycznym Progressa znalazło się m.in.: 1585 kg