Cel wprowadzenia JPK Podstawowym celem wprowadzenia Jednolitego Pliku Kontrolnego było usunięcie luki VAT poprzez bieżącą kontrolę danych o transakcjach VAT. JPK usuwa bariery w przekazywaniu , dzięki czemu znacząco może usprawnić działania kontrolne nie tylko organów podatkowych, ale także biegłych rewidentów i audytorów. Dzięki JPK można sprawnie przeprowadzić czynności sprawdzające i kontrolne. Dostęp do ustandaryzowanych danych w formie elektronicznej pozwala na szybkie ustalenie nieprawidłowości w rozliczeniach podatkowych. Szybkie ustalenie nieprawidłowości ma przeciwdziałać takim zjawiskom jak wyłudzenia VAT czy unikanie opodatkowania.
JPK ma przynieść również korzyść samym przedsiębiorstwom, dlatego że ma on w założeniu skrócić czas kontroli skarbowej, dzięki czemu przedsiębiorcy będą mogli zmniejszyć koszty związane z taką kontrolą. Poza tym przedsiębiorcy mają zyskać także nowy mechanizm kontroli wewnętrznej, który pozwoli monitorować pracę służb księgowych
Dane zawarte w JPK, z uwagi na ich format (XML) i ustandaryzowanie są doskonałym źródłem dla analiz finansowo-księgowych i controllingowych.