18 czerwca 1377 roku umieściła go na głównym ołtarzu. Od tego czasu kościół stał się znany jako Madonna dell’Orto. Gdy fundamenty północnego krańca kościoła zaczęły osiadać, zakon otrzymał 200 dukatów na jego odbudowę. W wyniku odbudowy po 1399 roku całkowicie zmienił się wystrój wnętrza, zbudowano również nową fasadę oraz nowy i większy klasztor.
XV–XVI wiek 17 grudnia 1461 roku zakon humiliatów skasowano, zastąpiło go zgromadzenie Kanoników Regularnych na San Giorgio in Alga, do którego należał pierwszy patriarcha Wenecji, Wawrzyniec Iustiniani. W 1473 roku zakończono prace renowacyjne. W 1483 roku został ukończony i umieszczony w fasadzie renesansowy portal dłuta Bartolemea Bona, a w 1503 roku ukończono kampanilę, jedyną w swoim rodzaju, zwieńczoną rzeźbami Zbawiciela i czterech Ewangelistów, wykonanymi w warsztacie Pietra Lombarda. W latach 1552–1569 Jacopo Tintoretto, który mieszkał nieopodal kościoła, namalował dla niego 10 obrazów, a po śmierci w 1594 roku został w kościele pochowany.