Zaczęła opowiadać się za poprawą stosunków Iranu z Europą i z Zachodem w ogólności, wzywała do podjęcia ogólnospołecznego dialogu w sprawie ograniczeń nakładanych przez irańskie prawo i obyczajowość na kobiety.
Po wyborze reformisty Mohammada Chatamiego na prezydenta Iranu w 1997 Masume Ebtekar została jako pierwsza w historii Iranu kobieta mianowana wiceprezydentem kraju. W szczególności odpowiedzialna była za problemy środowiska. Chatami ponowił nominację dla niej po uzyskaniu reelekcji na drugą kadencję; Ebtekar pozostawała wiceprezydentem Iranu do 2005. W latach 2007–2013 zasiadała w radzie miejskiej Teheranu, przy której utworzyła komitet zajmujący się ochroną środowiska.
Krytykowała politykę następcy Chatamiego, Mahmuda Ahmadineżada; od 2007 prowadziła blog, w którym z pozycji irańskich reformistów pisała m.in. o ochronie środowiska i prawach kobiet. W 2009 odwiedziła kilka rodzin manifestantów zabitych podczas protestów przeciwko wynikom wyborów prezydenckich w Iranie. W kampanii prezydenckiej w 2013 wspierała Hasana Rouhaniego, który po zwycięstwie ponownie mianował ją wiceprezydentem i dyrektorem Agencji Ochrony Środowiska.