W sierpniu 1939 zmobilizowany do Ośrodka Zapasowego Pomorskiej Brygady Kawalerii. W trakcie kampanii wrześniowej objął dowództwo oddziału kawalerii i przebijał się w kierunku Litwy. Zagarnięty przez wojska sowieckie został przewieziony do obozu w Kozielsku. Według stanu na 23 grudnia 1939 był jeńcem obozu w Kozielsku. Między 7 a 9 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 015/2, poz. 64, nr akt 1636 z 05.04.1940. Między 9 a 11 kwietnia 1940 wywieziony w transporcie do Katynia i rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, zapis w dzienniku ekshumacji pod datą 28.05.1943. Przy szczątkach znaleziono dwie karty pocztowe, nadawca: E. Kisiel. Figuruje na liście AM-256-3456 (nazwisko napisane jako Kiziel) i liście Komisji Technicznej PCK pod numerem: GARF-126-03456 (Kisiel Wilhelm). Nazwisko Kisiela znajduje się na liście ofiar (pod nr 03456) opublikowanej w Gońcu Krakowskim nr 176 i w Nowym Kurierze Warszawskim nr 169 z 1943.