Lęgi Występują różne systemy kojarzenia, od monogamii po duże, poliandryczne grupy. Według wyników badań opublikowanych w 1976, z jedną samicą może kojarzyć się do 4 samców; gniazdo i terytorium jest wówczas użytkowane wspólnie. Przeciętnie takie grupy odchowują więcej młodych w porównaniu do par monogamicznych, jednak przeliczając liczbę młodych na jednego samca jest to wynik mniejszy, aniżeli w przypadku par monogamicznych. Wedle obecnego stanu wiedzy (2016) samica może kojarzyć się z maksymalnie 8 samcami. Okres lęgowy trwa cały rok, szczególnie nasila się w czerwcu i lipcu oraz listopadzie i grudniu. Gniazdo ulokowane jest na małym drzewie, wychodni lub miejscu, z którego wypływała niegdyś lawa. Jest to platforma z gałęzi o średnicy 80–100 cm. Samica składa od 1 do 3 jaj. Inkubacja trwa 37–38 dni; młode są w pełni opierzone po 50–60 dniach. Dojrzałość płciową osiągają w wieku 3 lat.
Status zagrożenia i ochrona IUCN uznaje myszołowa galapagoskiego za gatunek narażony (VU, Vulnerable) nieprzerwanie od 1994 (stan w 2025). Liczebność populacji szacowana jest na 270–330 dorosłych osobników. BirdLife International ocenia trend populacji jako stabilny.